生物大分子的數學描述及其應用（簡體書）

建立生物學數據以及各種數據間復雜關係的數學模型，然后在此基礎上分析和解釋相應生物學意義，進而探索其固有的生物學規律并研究相關生物信息學問題，這是本書的特色之處。 本書是在編者實際從事的課題基礎上形成的，從這個意義上講，本書可以說是一份工作匯報。本書主要內容包括：生物大分子的圖形表示；生物序列的數值刻畫；序列與結構的粗粒化描述；蛋白質編碼基因識別等。

第0章 緒論
0.1 生物信息學產生的背景
0.2 生物信息學的研究對象
0.2.1 核酸
0.2.2 蛋白質
0.2.3 中心法則和遺傳密碼
0.3 生物信息學的主要研究內容
0.3.1 序列比較
0.3.2 計算機輔助基因識別
0.3.3 系統發育分析
0.3.4 RNA和蛋白質的結構研究
0.4 本書的主要內容
參考文獻
第1章 生物大分子的圖形表示
1.1 引言
1.1.1 DNA序列的圖形表示
1.1.2 RNA二級結構的圖形表示
1.1.3 蛋白質序列的圖形表示
1.2 DNA序列的3－D圖形表示
1.3 DNA序列的2－D圖形表
1.3.1 特徵序列
1.3.2 基於特徵序列的“雙水平線”圖
1.3.3 基於特徵序列的“梯狀”圖
1.4 有向圖表示
參考文獻
第2章 生物序列的數值刻畫
2.1 引言
2.2 偽跡
2.3 ALE－指標
2.3.1 ALE－指標
2.3.2 性質
2.3.3 應用
2.4 上三角矩陣表示
2.4.1 序列不變量的相容性
2.4.2 有向圖及上三角矩陣的應用
2.5 正規化相對熵
2.5.1 定義
2.5.2 應用
參考文獻0
第3章 序列與結構的粗粒化描述
3.1 DNA序列的邏輯表示
3.1.1 邏輯表示同其他表示的比較8
3.1.2 邏輯序列的SS矩陣及其壓縮矩陣
3.2 蛋白質序列的邏輯表示
3.2.1 蛋白質序列的邏輯表
3.2.2 應用
3.3 基於5字母模型的蛋白質序列的圖形表示及應用
3.3.1 氨基酸的5－字母模型
3.3.2 蛋白質序列的2－D圖形表
3.3.3 蛋白質序列的數值刻畫
3.3.4 冠狀病毒的系統發育分析
3.4 LZ復雜度及應用
3.4.1 有限序列的LZ復雜度
3.4.2 基於LZ復雜度的RNA二級結構相似性分析
3.4.3 廣義LZ復雜度及應用
參考文獻
第4章 蛋白質編碼基因識別
4.1 引言
4.2 DNA序列基於正規化相對熵的數值刻畫
4.3 Fisher線性判別法
4.4 算法的評估
4.4.1 敏感度、特異性和準確度的定義
4.4.2 算法的評估
4.5 識別釀酒酵母基因組2－6類中的基因
參考文獻
結語