新一代基因組測序：通往個性化醫療（簡體書）

《新一代基因組測序:通往個性化醫療》與傳統測序技術相比，新一代測序（NGS）技術具有超高速、高通量、低成本和高效益的強大優勢；這種新興技術的研發和新一代測序平臺的建立對基因組研究、人類健康和社會認知都產生了重大影響，是當今前沿科學發展最為迅猛的領域。全書包括5個部分18章。第一部分和第二部分分別概述了傳統的sanger DNA測序和新一代測序平臺的工作原理、方法和特點；第三部分剖析了困擾測序技術瓶頸及其解決方案；第四部分介紹了測序的商業化應用和新興的測序平臺；第五部分探討了新一代測序技術在基因組學研究中的廣泛應用。
《新一代基因組測序:通往個性化醫療》由參與NGS技術開發和應用的研究人員和發明家撰寫，是全球第一本介紹新一代DNA測序技術的書。可作為高等院校生物學、醫學、農學等領域的師生和研究人員學習參考用書，也對希望了解個人基因組信息、個性化醫療、倫理學等問題的讀者有啟迪和幫助作用。

作者：(德國)M.賈尼特(Janitz.M) 譯者：薛慶中 等

《新一代基因組測序:通往個性化醫療》是生物信息學數據分析叢書之一。

譯者序
前言
第一部分Sanger DNA測序
1 SangerDNA測序
1.1 Sanger測序的基礎
1.2 人類基因組計劃的未來
1.3 局限性以及未來的機會
1.4 生物信息學是關鍵
1.5 下一步將往哪里走

第二部分 新一代測序：通往個性化醫療
2 lllumina基因組分析儀Ⅱ系統
2.1 文庫的制備
2.2 簇的創建
2.3 測序
2.4 配對末端讀序列
2.5 數據分析
2.6 應用
2.7 結論
3 應用系統生物公司（ABI）SOLIDTM系統：基于連接的測序
3.1 引言
3.2 SOLID系統概述
3.3 SOLID系統應用
3.4 結論
4 新一代基因組測序：454／Roche GSFLX
4.1 引言
4.2 技術概述
4.3 軟件和生物信息學
4.4 研究應用
5 聚合?克隆測序：歷史、技術及應用
5.1 介紹
5.2 聚合?克隆測序的歷史
5.3 聚合?克隆測序
5.4 應用
5.5 結論

第三部分 瓶頸：序列數據分析
6 新一代測序（NGS）數據分析
6.1 為什么新一代序列分析有所不同？
6.2 序列搜索策略
6.3 什么是擊中，為什么它對NGS十分重要？
6.4 記分：為什么NGS的記分不同？
6.5 NGS序列分析的策略
6.6 後續數據分析
7 DNASTAR的新一代軟件
7.1 個人基因組及個性化醫療
7.2 新一代DNA測序——作為個性化基因組學的方法
7.3 不同平臺的優勢
7.4 計算機挑戰
7.5 DNASTAR的新一代軟件解決方案
7.6 結論

第四部分 新興測序技術
第五部分 新一代測序：真實地整合基因組分析
英漢對照詞匯
彩圖

盡管Sanger測序方法仍然被認為是測序的“黃金標準”，但該方法也存在一些局限性。其一是“生物學偏好”，由于Sanger測序方法是基于將外源DNA克隆到載體，因此必須對細菌是“友好的”，并且與大腸桿菌細胞的復制機理相兼容。現已證明染色體的某些部件，如著絲點和異染色質區實際上很難克隆。雖然在某些情況下這一局限性可以通過對PCR產物的直接測序得以解決，但這是一種非常低通量并且復雜的方法。
其二是測序方法對處理和分析等位基因頻率的能力非常有限。通常，用這種方法在PCR產物中即便要發現一個雜合的SNP也是很難的，更不用說發現任何不符合1：1比例的堿基了。Sanger測序方法的另一個局限性發生在基因組拼接階段。盡管市場上Sanger測序方法讀序列仍然是最長的，然而，當目標是獲得高質量基因組草圖時，如果在該區域沒有高分辨率物理圖譜，事實上，就不能從頭拼接含重復的單個讀序列。用當前毛細管電泳分離染料標記的擴增產物方法，即便是使用物理特性良好的熒光染料和新重組的聚合?，單個讀序列的長度也不可能超過。然而，隨著毛細管電泳裝置的進一步小型化或以基于芯片的納米通道系統代替毛細管，結合單個模板分子的擴增和信號檢測，將有可能對皮摩爾濃度范圍內的分子進行分析，看上去Sanger測序方法似乎還具有生命力。此外，將Sanger輸出與新一代讀序列相結合的選擇很有前途。當然，還有很多特殊的低通量項目，它們只需獲得少量讀序列即可，因此，Sanger測序方法毫無疑問是一種極好的成熟技術，并且將在很長一段時期內仍占有“黃金標準”的地位。